Møllens historie kan spores tilbage året 1546, hvor den af den daværende ejer, Peder Ebbesen Galt, blev tilskødet kronens gods.
De nuværende bygninger er opført omkring år 1827, og mølleværket stammer formentlig fra begyndelsen af 1800-tallet. Børkop Mølle og nabomøllen Brøndsted Mølle malede i 1838 tilsammen ca 5000 tdr. korn. På Børkop Mølle var der også en valkemølle ved den nuværende frisluse. Her valkedes årligt ca 10.000 alen klæde. ...
I Børkop Mølle finder vi det fineste danske eksemplar af  gearkassetypen. Der er 2 overfaldshjul, 4 kværne, triør (melsigte), elevator til transport af mel, hejseværk, 2 store kornlofter - alt sammen i fint håndværksarbejde og i funktionsdygtig stand.